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Histogramm-Werte auslesen mit ImageJ

Die @daehaex, die gerade an "organotypischen Co-Kulturen" forscht, fragte heute über Twitter, ob jemand das kann:

ein macro für imagej schreiben, das mir als batch aus einem ordner voller binärer tiffs von allen bildern mit bildnamen die anzahl der pixel mit der value 0 und value 255 auflistet? quasi wie die funktion "histogram" nur ohne die values 1-254.

Da ich von ihren Analysen zwar keine Ahnung habe, ihr aber trotzdem gern helfen wollte, habe ich mir flugs ImageJ aus den Ubuntu-Repositories installiert, die Dokumentation der Makro-Funktionen ergooglet und noch dieses hilfreiche PDF-Tutorial gefunden. Herausgekommen ist am Ende folgendes rudimentäre Skript, dessen Output als CSV in $Tabellenkalkulation importiert werden kann.

dir = getDirectory("Choose Directory ");
list = getFileList(dir);
setBatchMode(true);
for (i=0; i<list.length; i++) {
    showProgress(i+1, list.length);
    filename = dir + list[i];
    open(filename);
    getHistogram(0, counts, 256);
    print('"' + getInfo("image.filename") + '",' + counts[0] + ',' + counts[255]);
    close();
}

Geht bestimmt auch eleganter, aber es funktioniert, der Wissenschaftsbetrieb kann aufrecht erhalten werden, und ich bekomme demnächst ein Bier spendiert :-D

Barcamp Karlsruhe - Vorschau

Logo Barcamp KarlsruheAm Wochenende findet zum zweiten Mal das Barcamp Karlsruhe statt. Bei der ersten Ausgabe im letzten Jahr konnte ich nicht dabei sein, aber diesmal klappt es. Nur zur Warmup-Party heute Abend hat es leider nicht gereicht. Aber macht nichts.

Jeweils über 200 Teilnehmer sind es am Samstag und am Sonntag, darunter einige bekannte und viele neue Gesichter. Wenn ich es richtig sehe, sind an beiden Tagen noch einige Plätze frei, für Kurzentschlossene ist also noch Platz.

Ich hatte ursprünglich zwei Sessions angedacht: Eine über Symfony2 und eine zum Thema Openstreetmap für Einsteiger. Aus zeitlichen Gründen habe ich allerdings nur letzteres Thema halbwegs vorbereiten können, und auch da wird einige Improvisation nötig sein, falls es genügend Interessenten gibt.

Wie auch immer, ich freue mich aufs Wochenende, denn genauso wichtig wie die Sessions sind mir ja auch die Gespräche mit anderen Teilnehmern vor, zwischen und nach den Sessions.

Symfony2 Tipps und Tricks (2)

Alle Beiträge dieser Serie sind unter dem Tag sf2tt zu finden.

Weiter geht's also mit meiner kleinen Reihe "Symfony2 Tipps und Tricks". Heutiges Thema sind Formulare und Subformulare, auch bekannt als Embedded Forms, und insbesondere deren Validierung. Lest vorher am besten auch das Cookbook-Kapitel "How to Embed a Collection of Forms"(http://symfony.com/doc/current/cookbook/form/form_collections.html), um eine noch bessere Vorstellung von den ineinander geschachtelten Formularen zu bekommen.

Die Problemstellung

Häufig dienen Formulare der Bearbeitung von Daten, die aus der Datenbank kommen. Das geht auch sehr einfach, indem man eine Entity in ein entsprechendes Formular hineingibt. Allerdings muss die Entity ja nicht zwingend über ORM einer DB-Tabelle entsprechen. Entities können auch einfache Objekt sein, die Daten enhalten. Das kann schon mal sinnvoll sein, wenn man Werte aus vielen DB-Feldern zusammenziehen und anzeigen möchte.

Wie im Handbuch beispielhaft gezeigt, wird der Formtyp CategoryType ins Formular TaskType "eingebettet". Entsprechend ist Category ein Attribut von Task. Was aber, wenn statt Category ein Array von Kategorien möglich ist? Dann reicht der vorgeschlagene Constraint @Assert\Type(type="Acme\TaskBundle\Entity\Category") nicht aus bzw. die Validierung schlägt fehl, weil ja ein Array von Category-Objekten erwartet wird.

Die Lösung

Hier kommt der Valid Constraint ins Spiel. Denn sollen alle Entities Category im Array zusammen mit Task über das Formular TaskType (und das Subformular CategoryType) validiert werden, muss gewährleistet sein, dass die Validierung auch für diese greift. Das geschieht leider nicht automatisch, sondern erst, wenn das explizit verlangt wird.

namespace Sperrobjekt\Sf2ttBundle\Entity;</p>

<p>use Doctrine\ORM\Mapping as ORM,
    Sperrobjekt\Sf2ttBundle\Entity\Category;</p>

<p>/**
 * @ORM\Table(name="task")
 * @ORM\Entity
 <em>/
class Task
{
    /**
     * Array mit Kategorien vom Typ Category
     *
     * @var Category[]
     *
     * @Assert\Valid()
     */

    protected $categories;
    /</em> ... */
}

Damit wird auch das Unterformular bzw. die entsprechende Entity ganz normal validiert. Idealerweise werden Validierungsfehler noch mittels error_bubbling an das "obere" Formular durchgereicht.

Ich hoffe, das war verständlich beschrieben, und meine Lösung ist auch korrekt. Jedenfalls funktioniert es für mich damit. Ich bin aber immer für Verbesserungsvorschläge in den Kommentaren offen; schließlich gibt es auch bei Symfony2 meistens nicht nur einen Weg zum Ziel ;-)

Symfony2 Tipps und Tricks (1)

Ende letzten Jahres habe ich mein erstes Projekt mit dem (immer noch) relativ jungen PHP-Framework Symfony2 begonnen und war schnell davon begeistert. Symfony2 bringt einige für die PHP-Welt sehr moderne Eigenschaften mit, etwa das Arbeiten mit Annotations, Dependency Injection, Scaffolding, Datenvalidierung über Constraints und ein eigenes Caching-System (vieles davon ähnelt nebenbei bemerkt Django). Weil Symfony2 heute schon produktiv einsetzbar ist, ist es den anderen beiden großen PHP-Frameworks, Zend2 und FLOW3, um eine Nasenlänge voraus.

Symfony2 Tipps und Tricks

Viele Features sind äußerst angenehm, und ich möchte sie nicht mehr missen. Anderes ist gewöhnungsbedürftig, und es dauerte jeweils seine Zeit, bis ich herausgefunden hatte, wie es zu realisieren ist - und mögen es auch nur Kleinigkeiten gewesen sein. Diese Aspekte möchte ich hier im Blog in einer kleinen Serie festhalten, die ich "Symfony2 Tipps und Tricks" (sf2tt) genannt habe; sei es, damit andere davon profitieren können, sei es, damit ich selbst meine Kniffe schnell wiederfinden kann. Wenn ich übrigens Symfony2 sage, meine ich manchmal auch Doctrine2 (das standardmäßige ORM-Layer), Twig (die standardmäßige Template-Engine) oder ähnliche enge verbandelte Komponenten.

Deshalb geht es jetzt auch los mit einem Tipp zu Doctrine2 ;-)

"Symfony2 Tipps und Tricks (1)" vollständig lesen

LinuxTag 2012

Beim LinuxTag 2012

Früher™ habe ich öfter von Veranstaltungen, insbesondere Barcamps, live gebloggt. Gerade bin ich auf dem LinuxTag 2012 in Berlin und habe Lust, diese alte Gewohnheit wieder aufleben zu lassen. Also, ohne viel weitere Vorrede, hier mein Kurzbericht vom letzten Tag des LinuxTag, der wiederum der erste Tag für mich ist - gestern habe ich es leider nicht rechtzeitig geschafft.

Ich sitze momentan im Vortrag Free Your Android! von Torsten Grote. Android ist ja nicht so frei, wie viele es sich wünschen, weil Google da (natürlich) teilweise etwas dagegen hat. Durch diese FSFE-Kampagne soll daran etwas geändert werden. Ein erster Schritt ist die Installation von F-Droid, einem FOSS-Repository für Android, über das Open Source-Apps installiert werden können.

Weiter geht es mit einer Einführung zu Django von Markus Zapke-Gründemann. Interessiert mich schon lange, und man muss auch öfter mal über seinen PHP-Tellerrand schauen. Außerdem ist Python ja sowieso recht cool ;-) Nachdem wir uns zunächst Ponies angesehen haben, geht es um das Model-Template-View-Modell des Rapid Application Development Frameworks. Und schließlich bzw. endlich gibt's auch etwas Code zu sehen :-) Ich muss sagen, vieles von Django findet sich auch in Symfony2 wieder!

Interessant auch: GeoDjango.

"LinuxTag 2012" vollständig lesen